随着公众对健康问题的关注和认识的提高，特别是近年来受到公众批评的食品安全和健康问题，安全形势令人担忧。为了更好地控制食品的安全卫生，国家还出台了监督、约束、制止、惩治食品安全卫生违法行为的法律法规，并对相关食品的生产经营提出了要求。
 为了保护食品生产的全过程不受微生物污染，对原料、水、设备等进行处理是非常重要的。生产车间环境的清洁也是一个重要条件。此外，有些食品需要清洁、无菌的生产环境，如以下行业。

奶制品
酸牛奶、无菌牛奶或奶酪的加工，以及瑞典的腊肠包装中经常用到无菌处理。一些大型设施要求100,000级（ISO 8级和9级）以上。


灌装（酒类、饮料等）
啤酒、果汁和汽水无菌填装工艺增加了ISO 5级（100级）和ISO 6级（1,000级）洁净室。



传统系统中隧道式巴氏消毒法对产品进行各种高温处理，得到的产品在物理特性上发生变化。相比之下，对受控巴氏消毒法的无菌充装采用较低热处理，可在几方面改进产品的质量。

在洁净车间内生产的食品，由于其具有较高的洁净度可以保证食品不被细菌附着，但不能消除食品本身带来的细菌，因此还需要加热、喷药、照射等方式灭菌。很多食品洁净室主要用于灭菌后的冷却、切断（片）、包装等工序。

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